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Se na sua instalação do Magento apareceu um ‘index.php’ após as URLs (ex.: www.dominio.com/index.php/categoria), há uma maneira bem simples de resolver isso.

1. Certifique-se de que o Apache está trabalhando com URL Rewrites. Isso pode ser facilmente resolvido com o comando “a2enmod rewrite” (caso esteja no Ubuntu, vai precisar do sudo).
2. Na área de admin, entre em “Sistema -> Configuração -> Web“. A segunda seção, chamada “Otimização do mecanismo de busca“, selecione “Sim” para a opção “Usar web server rewrites“.
3. Após isso, reinicie o seu apache. Pode usar o comando (como sudo novamente) “apachectl restart” ou “apache2ctl restart“, dependendo da sua versão do Apache.

Para mim, somente esses três passos foram suficientes para resolver a questão. Espero ter ajudado.